本校東西向狹長型校地內，東西區各有一套校內水系之內循環系統，主要功能包括有水源之自然淨化、地下水補助、景觀休憩、微氣候調節及生態保育等方面，水源為校內生活污水經污水廠二級生物處理後再以臭氧殺菌之中水，由於係回收再利用，並不造成本校自來水費之負擔。

西區水循環於93年初完成，此套系統於93年以前僅於校園西南角直接溢流至校外排水幹管，對於經過水系自然再淨化後之水源直接流出校外，實是非常可惜之情事，故於93年初動工將西南側末端水源經由沈水泵浦抽回西區水系之源頭，形成一內循環系統，95年另由教育部補助設置一座葉片2.4m直徑風力汲水設施，平均每日約12噸之抽水量，增加西區水循環之循環流率 。

至於東區水循環系統則於97年亦由教育部申請補助設置自然淨化渠道方式，以葉片3m直徑之風力汲水為動力，完成另一套水循環系統，每日循環水量約20噸，讓校園東西區均有一套自然淨化水循環體系。